1997年に産学官の共同プロジェクトで「Aspergillus oryzae cDNAシーケンスプロジェクト」が開始され、麹菌の6000個の麹菌EST(Expressed Sequence Tag)が取得されました。当社も本プロジェクトに参画し、麹菌の有用遺伝子解析を積極的に行いました。
中でも当社は、1.有用遺伝子のクローニング、2.強力なプロモーターのスクリーニング、3.遺伝子発現解析ツールの開発の3点を行いました（図1）。

1.については既に当社のHPで紹介しているものの他に、アミンオキシダーゼ遺伝子をクローニングしました。麹菌アミンオキシダーゼは、血中のポリアミンを酸化できることから癌マーカー測定への利用が期待されています。
2.ではスーパーオキシドデスムターゼ遺伝子（sodM）プロモーターとカタラーゼ遺伝子（catB）プロモーターなどの強力なプロモーターを取得できました。なかでもsodMプロモーターは非常に強力で、その下流にグルコアミラーゼ遺伝子を接続した場合、培地あたり10g/L-brothの酵素蛋白を生産することができます。
3.麹菌は培養条件によりその形態を大きく変えます。液体培養、固体培養、富栄養あるいは貧栄養の条件を組み合わせ、それぞれの培養別に発現する遺伝子のプロファイルを作成しました（図2）。このなかで、同じ発現挙動を示す遺伝子群を抽出することにより、その遺伝子を制御するプロモーターに共通する制御領域（cis-element）を見つけることが出来ました。この解析方法を使えば、培養特異的に発現する遺伝子群やその発現制御機構が明らかになると考えています。

さらに当社ではESTプロジェクトでは見つけられることのできなかった有用な遺伝子群の探索も進めています。清酒醸造などの醸造産業に有用な遺伝子を中心に解析し、学問のみならず産業にも貢献するものであると考えています。例えば、鉄イオンをキレートするフェリクリシンの生合成遺伝子を解析したところ、50kbに及ぶ巨大なクラスターとして存在することを明らかにし、麹菌の2次代謝産物の生合成研究に大きな知見を与えています。麹菌は古くからさまざまな醸造食品に使われてきた経緯があり、その安全性は外国でも高く評価されています。このように安全性の高い麹菌から抽出される微量の代謝産物は、長年の食経験から食品・化粧品・医薬品に応用しても安心できると考えられます（図3）。私どもは古きをたずねて新しきを知ることのできるような商品を開発し、社会に貢献したいと考えています。
2001年から始まった麹菌の全ゲノム配列プロジェクトはほぼ解析が終了し、一般公開に向けての準備がなされています。麹菌の遺伝子解析も、いよいよポストゲノムの時代に突入し、今後さらに興味深い研究結果が得られるものと期待しています。